Thiền tông khác hẳn với phật giáo đại thừa

Mặc dầu thiền tông tồn tại ở các nước theo Phật giáo Đại thừa, giáo lý và phương pháp thực hành của thiền tông không giống với các tông phái khác của Đại thừa. Chẳng hạn Tịnh Độ Tông, một tông phái lớn của Đại thừa, hướng dẫn người tu chỉ dựa vào sự tiếp dẫn của Đức Phật A Di Đà để được giải thoát[1]. Đối với người theo Tịnh Độ tông, đức tin (Tín) chính là một "quà tặng" (gift) của Đức Phật A-di-đà.[2] Giải thoát nhờ vào tha lực, như Đức Phật, là một khái niệm xa lạ với thiền tông. Một vị thầy hay một người bạn có thể hướng dẫn phương pháp hành thiền nhưng vị thầy không phải là đấng cứu rỗi. Như D.T. Suzukhhi nói "theo tôn chỉ và đạt đến mục đích, điều này phải tự mình làm chứ không do sự trợ giúp của người khác"[3]. Điều này hoàn toàn trùng hợp với giáo lý của Phật giáo Nguyên thủy và chứng tỏ thiền tông rất gần với Phật giáo Nguyên thủy và khác hẳn Phật giáo Đại thừa.
Vài tác giả cho rằng Phật giáo Ấn độ có tính chất siêu hình nên không thể có được phương pháp thực tập như của thiền tông. Ấn độ là chiếc nôi của Duy Thức Tông (Yogacara), Mật tông (Mantra School), Hoa Nghiêm tông (Avatamsaka) hay của Tam Luận tông (Sunyata hay Madhyamika)[4]. Đây chính là những tông phái của Đại thừa, phát triển những yếu tố siêu hình nhằm trả lời cho những thách thức của triết học Ấn độ giáo ở Ấn độ thời bấy giờ. Mặc dầu Phật giáo Nguyên thủy không thuộc vào những tông phái này, những ngừơi không nghiên cứu Phật giáo Nguyên thủy từ văn bản gốc thường nghĩ rằng Phật giáo Nguyên thủy là sự tập hợp của những giáo điều có tính cách lý thuyết như Tứ Diệu Đế và Bát Chánh Đạo. Phần sau của bài viết sẽ chỉ rõ rằng cốt lõi của Phật giáo Nguyên thủy là sự chứng nghiệm giải thoát (Satori trong thiền tông) chứ không phải là những lý thuyết dần dần hình thành từ giáo lý và sự thực hành trên con đường giác ngộ. Ngay cả ngày nay, các vị sư ở Sri Lanka vẫn thường tự nhắc nhở yếu tố đơn giản này bằng cách đưa bài kệ sau của kinh Pháp cú (14:5) vào trong bài tụng Pirit[5] mỗi buổi tối:

"Sabba paapassa akaranam
Kusalassa upasampadaa
Sacitta pariyodapanam
Etam Buddhasaasanam"

 
Chư ác mạc tác
Chúng thiện phụng hành
Tự tịnh kỳ ý
Thị chư Phật giáo

Để truyền đạt Phật pháp một cách vắn tắt, các vị thiền sư cũng trích cùng bài kệ trên. Khi nhà thơ Hakuratukan hỏi thiền sư Dorin về bí mật của Phật giáo, ông nhận được câu trả lời:

"Không làm các việc ác
Làm các việc lành
Giữ tâm ý trong sạch
Là lời dạy của chư Phật."[6]